全国重要江河湖泊水功能区是在全国31个省、自治区、直辖市人民政府批复的辖区水功能区划的基础上，从实施最严格水资源管理制度，加强国家对水资源的保护和管理出发，按照下列原则选定：

　　（1）国家重要江河干流及其主要支流的水功能区。

　　（2）重要的涉水国家级及省级自然保护区、国际重要湿地和重要的国家级水产种质资源保护区、跨流域调水水源地及重要饮用水水源地的水功能区。

　　（3）国家重点湖库水域的水功能区，主要包括对区域生态保护和水资源开发利用具有重要意义的湖泊和水库水域的水功能区。

　　（4）主要省际边界水域、重要河口水域等协调省际间用水关系以及内陆与海洋水域功能关系的水功能区。

　　来源：中国水利网站　2012年2月15日