大坝的建设对生态环境有有利的和不利的影响。有利的一面是汛期可以调蓄洪水、枯期可以向下游供水、灌溉，起到防洪减灾的效果，同时得到清洁的再生能源，从本质上改善生态、保护环境。2004年4月汪恕诚部长在中国水利学会第八次全国会员代表大会上作的《论大坝与生态》学术报告中，大坝导致的生态环境问题概括为：移民问题、对泥沙和河道的影响、对大气的影响、水体变化带来的影响、对鱼类和生物物种的影响、对文物和景观的影响、地质灾害、溃坝等八个方面。而在南方的珠江流域尤为突出是移民问题、对鱼类和生物物种的影响、地质灾害、对文物和景观的影响。

    南方人多地少，淹没、移民问题是重点也是难点。一是在工程的建设方案论证中，在满足工程任务的同时，不断优化方案，减少工程淹没和影响范围，并对具备条件的进行工程措施加以保护，以减少耕地征用和移民数量（如大藤峡工程，在设计中通过优化，部分库区采取防护后，与上世纪九十年代的方案比较，水库淹没耕地从15.24万亩减少到6.51万亩，迁移人口从10.65万人减少到2.46万人）。再一个就是要按照《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》做好移民安置规划，实施阶段并国家的有关移民政策做好移民安置工作。

    对鱼类和生物物种的影响。在设计过程中将根据具体河流的特点，采取相应的工程措施或是对洄游鱼类进行人工繁殖，建人工繁殖站等方法。我国的长江葛洲坝、三峡就是选择人工繁殖的办法来解决中华鲟洄游问题，事实证明是比较成功的。

    建大坝引起的泥沙问题、地质灾害、对文物景观的影响、对大气的影响以及水体变化带来的影响等不利因素，要根据不同的河流、不同的河段、不同的坝址，在设计过程中将进行科学的全面的分析，并采取相应的排沙、防护处理、文物保护、库底清理等工程措施，使不利影响减小到最低，以维持库区生态环境的可持续发展。