1991年5～7月，太湖流域发生梅雨型特大洪水。

1991年7月8日，江泽民同志在田纪云、温家宝等领导陪同下视察嘉兴涝区灾情，慰问受灾群众。

1991年9月17日至20日，国务院召开治淮治太第一次工作会议，杭嘉湖南排工程继续被列为治理太湖10项骨干工程中的3项紧迫工程之一，同时被列为世界银行贷款项目。

1991年12月31日，杭嘉湖南排后续工程南台头破塘建闸典礼在海盐县南台头闸址( 老海塘)举行。标志着杭嘉湖南排后续工程建设进入一个新的阶段。

1993年11月6日，时任浙江省委副书记、省长万学远等领导，考察南排盐官上河工程，慰问参加工程建设的干部和职工。

1994年12月15日，南台头二期干河莲花桥港河道，由嘉兴市郊区组织机械化施工。历时半年完成机械施工任务，工程质量优良。

1995年12月15日，盐官下河站闸枢纽工程开工。

1997年2月25日，浙江省人民政府浙政发[1997]32号文《关于杭嘉湖南排工程管理体制问题的批复》，同意建立杭嘉湖南排工程管理局，由嘉兴市负责组建和管理。按照精简高效的原则，设长山闸、南台头闸和盐官下河站闸(含盐官上河闸)3个管理所，以及桐乡、海宁、海盐、嘉兴郊区4个河道管理站。

1997年6月4日，原国家计委以计建设[1997]972号文批准杭嘉湖南排后续工程概算总投资调整为11.5262亿元人民币。

2001年9月4日至5日，盐官上河闸枢纽和南台头闸枢纽通过浙江省水利厅主持的单项工程竣工验收。

2001年10月2日，时任水利部部长汪恕诚，在浙江省副省长章猛进等领导陪同下，视察盐官下河排涝工程。

2004年11月22日，盐官下河站闸枢纽单项工程竣工验收，移交嘉兴市杭嘉湖南排工程管理局管理。

2007年5月12日，水利部总工程师刘宁主持召开南排后续工程竣工验收汇报会。水利部建管司、规计司、财经司、水资源司、水土保持司、审计室、移民局及水规总院的领导和代表听取汇报。